1. Diagnóstico, control y manejo sustentable de plagas y enfermedades de cultivos agrícolas.
2. Desarrollo y aplicaciones tecnológicas para el manejo sustentable del suelo, agua y fisiología de plantas hortícolas y cereales.
3. Biodiversidad y manejo sustentable de recursos genéticos de interés agropecuario en ecosistemas subtropicales.
4. Inocuidad y calidad de los productos agropecuarios.
5. Evaluación, manejo sustentable de los ecosistemas costeros y recursos pesqueros, y cultivo sustentable de recursos acuáticos.
6. Desarrollo e innovación tecnológica sustentable de la salud y producción animal en zonas subtropicales.
7. Bienestar, diagnóstico, control y manejo sustentable de enfermedades en animales y salud pública.
Las 7 LGAC del programa de Maestría en Ciencias Agropecuarias se sustentan en 37 LGAC de 16 Cuerpos Académicos del Colegio de Ciencias Agropecuarias, de los cuales el 60% (9) tienen reconocimiento de calidad por su nivel de desarrollo.